Σύμφωνα με την ιστοσελίδα agathoniakovidis.blogspot.com, ο Αγάθωνας Ιακωβίδης γεννήθηκε στον Ευαγγελισμό του Νομού Λαγκαδά από γονείς Μικρασιάτες πρόσφυγες, το 1955. Τα πρώτα του μουσικά ακούσματα προέρχονται από τον κοινωνικό του περίγυρο και είναι έντονα διαποτισμένα από τις μελωδίες της Μικράς Ασίας.
Με τη μουσική αρχίζει να ασχολείται συστηματικά από το 1971. Αυτοδίδακτος, με μόνο οδηγό τα μουσικά του ακούσματα, μαθαίνει σχεδόν όλα τα έγχορδα που χρησιμοποιούνται στα ρεμπέτικα τραγούδια: κιθάρα, μπαγλαμά, ούτι, μπουζούκι, τζουρά, μαντόλα και μαντολίνο.
Το επαγγελματικό του ξεκίνημα γίνεται στις μπουάτ της Θεσσαλονίκης το 1973. Σύντομα αντιλαμβάνεται ότι ο μουσικός χώρος που τον ενδιαφέρει πραγματικά και ταιριάζει απόλυτα στη φωνή του είναι το ρεμπέτικο τραγούδι, στο οποίο και αφιερώνεται έκτοτε αποκλειστικά. Είχε στην κατοχή του μεγάλη συλλογή δίσκων γραμμοφώνου με σπάνιες εκτελέσεις ρεμπέτικων τραγουδιών, πολλές από τις οποίες έχει παρουσιάσει σε μουσικές εκπομπές στο ραδιόφωνο της Θεσσαλονίκης (Α103, 904).
Το 1977 ιδρύει το Ρεμπέτικο Συγκρότημα Θεσσαλονίκης με το οποίο ηχογραφεί δύο δίσκους, εμφανίζεται σε διάφορα μαγαζιά και πραγματοποιεί πολλές συναυλίες σε όλη την Ελλάδα.
Το 1981 κατεβαίνει στην Αθήνα, όπου και συνεργάζεται με μουσικούς όπως ο Κώστας Παπαδόπουλος, ο Γιώργος Κόρος, ο Βασίλης Σούκας, ο Λάζαρος Κουλαξίζης, ο Νίκος Φιλιππίδης, ο Νίκος Χατζόπουλος, κ.ά. Έχει εμφανιστεί σε πόλεις και χωριά σε όλη την Ελλάδα και έχει προσκληθεί για προσωπικές συναυλίες, σχεδόν σε όλη την Ευρώπη και στις Η.Π.Α. Από το 1987 ζούσε και εργαζόταν στη Θεσσαλονίκη. Ήταν παντρεμένος με την Εριφύλη Χοντολίδου, με την οποία έχουν έναν εικοσάχρονο γιο, τον Νίκο, ο οποίος συμμετείχε στις τηλεοπτικές εκπομπές της ΕΤ 3 για το ρεμπέτικο σε επιμέλεια Πάνου Σαββόπουλου.
Ο Αγάθωνας Ιακωβίδης ήταν αφοσιωμένος στο ρεμπέτικο και δημοτικό τραγούδι. Τα υπηρετούσε από το 1973, αρνούμενος πεισματικά να μετακινηθεί σε άλλα δημοφιλέστερα είδη. Σε όλες τις προσωπικές δισκογραφικές του δουλειές παρουσίαζε συστηματικά το ρεμπέτικο τραγούδι, ερμηνεύοντας τόσο παλιά και άγνωστα ρεμπέτικα (στηριζόμενος, κατά μεγάλο μέρος, στο αρχειακό του υλικό), όσο και γνωστά και πολυτραγουδισμένα.
