Σε ηλικία 20 ετών έχασε και τους δύο γονείς του. Έξι μήνες αργότερα μοίρασε τα υπάρχοντά του στους φτωχούς, υπακούοντας στην ευαγγελική περικοπή του πλούσιου νεανίσκου, και αποσύρθηκε σε σπήλαιο της ερήμου, όπου έζησε ασκητικό βίο για 25 συναπτά έτη. Η φήμη του διαδόθηκε σύντομα στις τοπικές εκκλησίες, πολλοί δε χριστιανοί κατέφευγαν στην ίδια περιοχή για να ασκητεύσουν και να ακούσουν τη διδασκαλία του.

Το έτος 311, κατά το διωγμό του αυτοκράτορα Μαξιμίνου (307-313), κατήλθε στην Αλεξάνδρεια, για να ενθαρρύνει και να βοηθήσει τους πιστούς της τοπικής εκκλησίας. Όταν έπαυσε ο διωγμός, ο Αντώνιος επανήλθε στην έρημο. Αισθανόταν, όμως, ενοχλημένος από την παρουσία πολλών πιστών που πήγαιναν να τον συναντήσουν κι έτσι αναζήτησε ένα νέο καταφύγιο στο όρος Κολξίμ της Ερυθράς Θάλασσας. Κι εκεί, όμως, προσέρχονταν πολλοί χριστιανοί για να λάβουν την ευλογία του και να θεραπευτούν. Η φήμη του έφθασε μέχρι και τα υψηλά κλιμάκια της αυτοκρατορίας. Ο Μέγας Κωνσταντίνος και γιοι του, Κωνστάντιος και Κώνστας, είχαν τακτική αλληλογραφία μαζί του και τον συμβουλεύονταν για διάφορα θέματα.

Κατά τη διάρκεια του ασκητικού βίου του δεν άλλαξε ποτέ ένδυμα, ούτε έπλυνε το σώμα ή τα πόδια του με νερό. Δίδασκε τους μαθητές του να μη θεωρούν τίποτε ανώτερο από την αγάπη του Χριστού και να μη νομίζουν ότι επειδή απέχουν από τα κοσμικά αγαθά, στερούνται κάτι αξιόλογο. Το να αφήνει κανείς τα επίγεια αγαθά, έλεγε, είναι σαν να καταφρονεί μία δραχμή από χαλκό, για να κερδίσει εκατό χρυσές. Τόνιζε ότι δεν πρέπει να λησμονούμε ότι ο ανθρώπινος βίος είναι πρόσκαιρος συγκρινόμενος προς την αιώνια ζωή και ότι δεν πρέπει να κοπιάζουμε για την απόκτηση πρόσκαιρων αγαθών, τα οποία δεν μπορούμε να πάρουμε μαζί μας, αλλά για την απόκτηση αιώνιων αγαθών, δηλαδή της φρόνησης, της δικαιοσύνης, της σωφροσύνης, της ανδρείας, της συνέσεως και της αγάπης.

Ο Άγιος Αντώνιος, ο επονομασθείς από την εκκλησία Μέγας, κοιμήθηκε το 356 σε ηλικία 105 ετών, έχοντας απόλυτη σωματική και πνευματική υγεία. Λίγο πριν από την αποδημία του χάρισε στους δύο πιο διαπρεπείς μαθητές του, τον Σεραπίωνα και τον Μέγα Αθανάσιο, τα μοναδικά του περιουσιακά στοιχεία, ένα χιτώνιο και δύο μηλωτές (προβιές). Σύμφωνα με την επιθυμία του, ο τόπος της ταφής του παρέμεινε μυστικός. Αργότερα, τα λείψανά του μεταφέρθηκε στην εκκλησία του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου στην Αλεξάνδρεια επί Ιουστινιανού (561) και από εκεί το 635 στην Κωνσταντινούπολη. Τον 11ο αιώνα τα παρέλαβε ένα γάλλος ευγενής, ονόματι Ζοσλέν, ο οποίος τα εναπόθεσε στο Αββαείο του Αγίου Αντωνίου, στην ομώνυμη πόλη της Ν.Α. Γαλλίας (Saint-Antoine-l’Abbaye), όπου βρίσκονται σήμερα.