Την άσκηση ποινικής δίωξης για απιστία και ηθική αυτουργία στο αδίκημα αυτό σε βάρος εννέα μελών διοικήσεων του ΚΕΕΛΠΝΟ, την περίοδο 2007-2009, εκπροσώπων εταιρειών κι ενός εν ενεργεία Μητροπολίτη στην Αττική παρήγγειλε η Οικονομική Εισαγγελία.
Η δίωξη αφορά συνολικά 13 άτομα για 5 περιπτώσεις επιχορηγήσεων, συναλλαγών και οικονομικών ενισχύσεων εταιρειών και της συγκεκριμένης μητρόπολης, με ποσά που φέρεται ότι αγγίζουν τα 2 εκ. ευρώ.
Η πολυεπίπεδη έρευνα της δικαιοσύνης διήρκησε μία δεκαετία καθώς οι εισαγγελείς ήρθαν είχαν να αντιμετωπίσουν , μία χαώδη , όπως περιγράφεται κατάσταση στο ερευνώμενο Κέντρο. Πολλά κρίσιμα έγγραφα είχαν χαθεί ,με αποτέλεσμα οι εισαγγελείς να χρειαστούν πολλαπλάσιο χρόνο για να τα ανακτήσουν και να συγκεντρώσουν τα αναγκαία αποδεικτικά στοιχεία. Σύμφωνα με πληροφορίες μάλιστα , τα στοιχεία καταλαμβάνουν ένα ολόκληρο δωμάτιο, όπως χαρακτηριστικά περιέγραφαν δικαστικές πηγές και για τη μεταφορά της δικογραφίας στην Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών που θα ασκήσει και την ποινική δίωξη, θα ζητηθεί η συνδρομή του Υπουργείου Οικονομικών.
Η πρώτη από τις 5 υποθέσεις που ερευνήθηκαν, αφορά επιχορηγήσεις του ΚΕΕΛΠΝΟ σε μεγάλη μητρόπολη της Αττικής ύψους 749.000 ευρώ, αν και κάτι τέτοιο δεν συμπεριλαμβανόταν στις προβλέψεις του κανονισμού λειτουργεία του Κέντρου. Εν τούτοις, σύμφωνα με τα ευρήματα της εισαγγελικής έρευνας, δόθηκαν 18 επιχορηγήσεις στη Μητρόπολη, μεταξύ άλλων για θέματα υγείας και πρόληψης λοιμωδών νοσημάτων απόρων και μεταναστών, για υγειονομικό υλικό στη Λωρίδα της Γάζας και κατασκηνώσεις παιδιών μεταναστών και προσφύγων. Σύμφωνα με το πόρισμα των οικονομικών εισαγγελέων, οι επιχορηγήσεις δεν αξιοποιήθηκαν από την μητρόπολη για αυτούς τους σκοπούς αλλά διατέθηκαν σε αόριστες δαπάνες φιλανθρωπίας.
Η δεύτερη περίπτωση , αφορά σύμβαση που υπεγράφη στις 29 Ιουλίου 2009 μεταξύ του ΚΕΕΛΠΝΟ και εκτυπωτικής εταιρείας για την εκτύπωση 1,5 εκ. ενημερωτικών φυλλαδίων για τη νέα γρίπη και τη διανομή τους σε γήπεδα της Super League. Καταβλήθηκαν 196.052 ευρώ, ωστόσο διαπιστώθηκε, σύμφωνα με το εισαγγελικό πόρισμα, ότι τελικά μοιράστηκαν φυλλάδια σε γήπεδα που βρίσκονταν μόλις 126.073 φίλαθλοι.
Η τρίτη υπόθεση αφορά στην καταβολή 232.050 ευρώ από το Κέντρο σε portal υγείας στις 23 Σεπτεμβρίου 2009 χωρίς ωστόσο να υπάρχει σύμβαση που να περιγράφει την αιτιολογία καταβολής των χρημάτων. Σύμφωνα με το πόρισμα η εν λόγω εταιρεία συστάθηκε τον Φεβρουάριο του 2009, δεν απασχόλησε προσωπικό, εισήλθε σε καθεστώς εκκαθάρισης τον Οκτώβριο του 2009 και το μοναδικό της τιμολόγιο ήταν αυτό με το ΚΕΕΛΠΝΟ για την δημιουργία ενός «υποτιθέμενου Κέντρου ηλεκτρονικής πληροφόρησης για τη γρίπη» το οποίο δεν προέκυψε τελικώς ότι δημιουργήθηκε.
Η τέταρτη περίπτωση αφορά στην έκδοση εξαμηνιαίου επιστημονικού περιοδικού η οποία αποφασίστηκε από το Δ. Σ. του ΚΕΕΛΠΝΟ στις 3/7/2008. Σύμφωνα με την εισαγγελική έρευνα η περιουσία του ΚΕΕΛΠΝΟ επιβαρύνθηκε κατά 180.240 ευρώ καθώς εκδόθηκε μία και μοναδική έκδοση .
Η πέμπτη υπόθεση αφορά την οικονομική ενίσχυση εταιρείας επικοινωνίας. Συγκεκριμένα, δόθηκαν προκαταβολικά 750.000 ευρώ για τη διοργάνωση εκδήλωσης, το συνολικό κόστος της οποίας ωστόσο ανήλθε σε 253.519 ευρώ, όπως προέκυψε από έλεγχο του ΣΔΟΕ.
Η έρευνα των οικονομικών εισαγγελέων συνεχίζεται για την καταβολή από το ΚΕΕΛΠΝΟ 184.806 ευρώ σε γνωστό δημοσιογράφο για την συνεργασία του Κέντρου με εταιρείες παροχής ραδιοτηλεοπτικών υπηρεσιών, εφημερίδες, περιοδικά και ιστοσελίδες για την προβολή των δράσεών του. Παράλληλα η Οικονομική Εισαγγελία διαβιβάζει τη δικογραφία στις αρμόδιες αρχές για φορολογικό έλεγχο σε τουλάχιστον 20 εταιρείες που είχαν συνεργασία με το ΚΕΕΛΠΝΟ την επίμαχη περίοδο καθώς και στην Μητρόπολη που εμπλέκεται.
Από την έρευνα δεν προέκυψαν ενδείξεις διάπραξης αδικημάτων και συνεπώς αρχειοθετούνται , μεταξύ άλλων η δικογραφία που αφορούσε προσλήψεις στο ΚΕΕΛΠΝΟ το 2009, συμβάσεις του Κέντρου με την Εθνική Σχολή Δημόσιας Υγείας, χορήγηση δανείων για την αντιμετώπιση της γρίπης, οικονομικές ενισχύσεις και χορηγίες σε άλλους φορείς και καταβολές ποσών για έρευνες.
