Το κυκλοκόνιο είναι μυκητολογική ασθένεια που ενδημεί σε περιοχές με αυξημένη υγρασία. Οι μολύνσεις στην ελιά γίνονται φθινόπωρο και άνοιξη, με μεγαλύτερη ένταση το φθινόπωρο που θεωρείται κρίσιμη περίοδος. Πτώση της θερμοκρασίας σε συνδυασμό με  βροχερό ή πολύ υγρό καιρό ευνοούν νέες μολύνσεις και εξάπλωση της ασθένειας.

Στην πάνω επιφάνεια των φύλλων εμφανίζονται χαρακτηριστικές καστανές κυκλικές κηλίδες, γνωστές ως «μάτια παγωνιού». Έντονες προσβολές εκδηλώνονται με φυλλόπτωση, εξασθένιση των δέντρων και μείωση της παραγωγής. Ευπαθείς ποικιλίες είναι η Θρουμπολιά, η Τσουνάτη, η Άμφισσας, Καλαμών. Η Κορωνέικη (ψιλολιά) παρουσιάζει σχετική αντοχή στην ασθένεια.

Καλλιεργητικά μέτρα που λαμβάνονται για την μείωση της υγρασίας και τη δημιουργία συνθηκών αερισμού στο περιβάλλον των ελαιοδέντρων διευκολύνουν την αντιμετώπιση της ασθένειας (αραιή φύτευση, κατάλληλο κλάδεμα, κατεργασία εδάφους, καλή στράγγιση).

Σε ελαιώνες που επικρατούν ευνοϊκές συνθήκες μολύνσεων (αυξημένη υγρασία, πυκνή φύτευση) και σε ευπαθείς ποικιλίες συστήνεται άμεσα προληπτικός ψεκασμός με χαλκούχα ή άλλα εγκεκριμένα μυκητοκτόνα.

Κερκόσπορα

Μυκητολογική ασθένεια που εκδηλώνεται με σοβαρή πρόωρη φυλλόπτωση. Στην κάτω επιφάνεια των φύλλων εμφανίζεται σκούρος γκριζωπός μεταχρωματισμός που συγχέεται με καπνιά. Στην πάνω επιφάνεια χλωρωτικές ή κίτρινες αρχικά κηλίδες νεκρώνονται προκαλώντας έντονη φυλλόπτωση αργά την άνοιξη και το καλοκαίρι. Στους άωρους καρπούς σχηματίζονται καστανές κηλίδες ελαφρά βυθισμένες ενώ στους ώριμους η συνένωση γειτονικών κηλίδων προκαλεί σήψεις.

Μεγαλύτερη ανάγκη προστασίας έχουν οι ελαιώνες που βρίσκονται σε περιοχές υγρές, με ανεπαρκή αερισμό. Προτείνονται καλλιεργητικά μέτρα όπως αναφέρονται στο κυκλοκόνιο.

Συστήνεται προληπτικός ψεκασμός με εγκεκριμένα μυκητοκτόνα που έχουν ταυτόχρονη δράση και κατά του κυκλοκονίου.

Βούλα  (Ξεροβούλα ή Σαποβούλα)

Απαραίτητη προϋπόθεση εκδήλωσης αυτής της μυκητολογικής ασθένειας είναι η προσβολή του καρπού από το δάκο. Η μόλυνση γίνεται στα νύγματα ωοτοκίας και το μόλυσμα μεταφέρεται από το παράσιτο του δάκου Prolasioptera berlesiana. Η εμφάνιση και η ένταση της ασθένειας συνδέονται άμεσα το βαθμό δακοπροσβολής στον ελαιώνα.

Οι προσβολές του μύκητα είναι δευτερογενείς και εκδηλώνεται με δύο μορφές ανάλογα με την εποχή προσβολής και την ωριμότητα των καρπών.

Τους θερινούς μήνες και στις αρχές του φθινοπώρου προσβάλλει άωρους καρπούς προκαλώντας βυθισμένες φελλώδεις καστανόχρωμες κηλίδες «ξεροβούλα». Το φθινόπωρο ή σπανιότερα στις αρχές του χειμώνα προσβάλλει ημιώριμους και ώριμους καρπούς και η κηλίδα καταλαμβάνει όλη την επιφάνεια του καρπού προκαλώντας καστανόχρωμη μαλακή σήψη τη «σαποβούλα». Πάνω στις κηλίδες διακρίνονται μαύρα στίγματα που είναι οι καρποφορίες του μύκητα. Σε όλες τις περιπτώσεις οι προσβεβλημένοι καρποί πέφτουν πρόωρα.

Η αποτελεσματική καταπολέμηση του δάκου περιορίζει την εκδήλωση της ασθένειας σε όλη την περίοδο. 

Καρκίνωση

Πολύ σοβαρή ασθένεια της ελιάς που οφείλεται σε βακτήριο. Εκδηλώνεται συνήθως στα κλαδιά και στους κλάδους με το σχηματισμό εξογκωμάτων (φυμάτια, καρκινώματα), σπανιότερα στους βραχίονες, στον κορμό και στα φύλλα. Μολύνσεις γίνονται σε όλη τη διάρκεια του έτους εφόσον ο καιρός είναι υγρός ή βροχερός και υπάρχουν πληγές που αποτελούν τα σημεία εισόδου του παθογόνου. Νέες μολύνσεις προκαλούνται μετά από ράβδισμα, κλάδεμα, παγετό, χαλάζι ή δυνατό άνεμο.

Η ποικιλία Κορωνέϊκη είναι πολύ ευαίσθητη στο βακτήριο.

Λεπτά κλαδιά, έντονα προσβεβλημένα ξηραίνονται. Όταν προσβάλλονται δέντρα μικρής ηλικίας εξασθενούν γρήγορα και μπορεί να προκληθεί νέκρωση ολόκληρων των δένδρων.

Στη σύσταση νέου ελαιώνα αποφεύγετε την πυκνή φύτευση και επιλέγετε δενδρύλλια απαλλαγμένα από την ασθένεια.

Αποφεύγετε ράβδισμα και κλάδεμα των δέντρων με υγρό και βροχερό καιρό.

Τα προσβεβλημένα με όγκους κλαδιά πρέπει να αφαιρούνται, να απομακρύνονται και να καταστρέφονται. Τα εργαλεία κλαδέματος να απολυμαίνονται συστηματικά με εμβάπτιση σε διάλυμα 5% σε οινόπνευμα ή χλωρίνη.

Συστήνονται προληπτικοί ψεκασμοί με εγκεκριμένα χαλκούχα σκευάσματα αμέσως μετά τη συγκομιδή, το κλάδεμα, από ισχυρό παγετό ή χαλάζι.

Καπνιά

Είναι μύκητας που αναπτύσσεται κυρίως πάνω σε μελιτώματα κοκκοειδών. Κλάδοι, βλαστοί και φύλλα καλύπτονται από λεπτό μαύρο στρώμα με καρποφορίες του μύκητα και στη συνέχεια προκαλείται εξασθένιση.

Ευνοείται από υψηλή υγρασία και σε ελαιώνες με πυκνή βλάστηση.

Κατάλληλο κλάδεμα και έγκαιρη καταπολέμηση των κοκκοειδών περιορίζουν την εξάπλωση της.

Επεμβάσεις κατά μυκητολογικών ασθενειών της ελιάς καταπολεμούν και την καπνιά. Μετά τη συγκομιδή συστήνεται εφαρμογή χαλκούχων.

Λειχήνες

Αναπτύσσονται σε υγρές περιοχές, σχηματίζοντας επιφανειακά πάνω στους κορμούς και στους κλάδους ένα λεπτό κιτρινοπράσινο στρώμα.

Μετά τη συγκομιδή και κατά τη διάρκεια της βροχερής περιόδου συστήνονται επεμβάσεις με χαλκούχα σκευάσματα όπου καλύπτονται κορμοί και βραχίονες για την αποκόλληση των λειχήνων.